NCIS: Origins, 1991 yılında, NCIS olaylarından yıllar önce, Leroy Jethro Gibbs'in kariyerine yeni başladığı dönemi konu alıyor. Gibbs, NCIS Camp Pendleton ofisinde yeni oluşturulmuş bir özel ajan olarak göreve başlar ve burada NCIS efsanesi Mike Franks'ın liderliğindeki cesur, ayaktakımından oluşan bir ekipte yerini alır. Dizi, NCIS'in temellerinin atıldığı dönemi ve Gibbs'in kariyerinin ilk yıllarını ele alarak, NCIS'in nasıl bir efsaneye dönüştüğünü gözler önüne seriyor.